В XVII веке русские землепроходцы дали этой реке название Средняя Тунгуска, где Тунгуска — от этнонима тунгусы, а определение позволяло отличать эту реку от двух других Тунгусок — Нижней и Верхней (Ангара), относительно течения Енисея. Со временем Средняя Тунгуска стала называться Подкаменная Тунгуска, поскольку она впадает в Енисей «под Камнем», то есть несколько ниже Енисейского кряжа, называвшегося тогда просто Камень. Известно также местное название Чулака́н, где "чул" предположительно древнетюркское «река» (встречается в названиях рек Западной Сибири), "-кан" — эвенкский суффикс уменьшительности; то есть сравнение, происходило в паре Енисей и Тунгуска - «река» и «меньшая река». Верхнее течение реки длительное время сохраняло название Катанга.