Состоит из двух природоохранных зон в Грузии, на территории Кахетии: национального заповедника и заказника. Их разделение произошло в 2003 году и связано с различиями в доступе на территорию посетителей. До этого Лагодехи являлся единым заповедником, образованным в 1912 году Императорским русским географическим обществом, являясь, таким образом, первой природоохранной зоной на территории Грузии.

Площадь заповедника составляет 19 749 гектаров, а заказника — 4702 гектара. Перепад высот от 590 до 3500 метров над уровнем моря, горные склоны прорезают несколько ущелий. Крупнейшими реками являются Ниносхеви, Шромисхеви, Лагодехисцкали и Мацимисцкали; на высотах располагаются ледниковые озёра, крупнейшее из которых — Хала-Хель глубиной 14 метров, расположенное на границе с Дагестаном.

Основными биомами Лагодехи являются широколиственные леса и горная тундра. Около 70 % охраняемой территории покрыто лесом; основными произрастающими видами являются бук восточный (Fāgus orientālis), граб обыкновенный (Carpinus betulus) и разные виды клёна (Acer).