Был закрыт в 1951 году, вновь открыт через пять лет, в 1961—1965 годах числился филиалом Кандалакшского заповедника. В 1965 году восстановлен почти в прежних границах. 13 сентября 1983 года получил у западной границы добавку 129577 гектаров как компенсацию за участок тайги меньших размеров в восточной части, погибший вследствие атмосферных выбросов комбината «Североникель».

Площадь 278 435 га (в том числе акватория 8 574 га).

Одна из основных ценностей заповедника — девственные старовозрастные леса, чей возраст оценивается диапазоном от 3000 до 10 000 лет. Возраст деревьев в этих лесах — 400—600 лет, высота до 15 метров, диаметр ствола до 70 см.
В лесах заповедника преобладают хвойные породы: сосна Фриза и ель сибирская. В заповеднике насчитывается: 603 вида сосудистых растений; 370 видов мхов; 575 видов лишайников; 273 вида грибов (данные 2007 года). Из сосудистых растений, произрастающих в заповеднике, 5 видов занесены в Красную книгу России: вудсия альпийская, полушник озёрный, кизильник киноварно-красный, калипсо луковичная, пальчатокоренник Траунштейнера.
В горных тундрах распространены горные ягельники, кустарнички — голубика, вороника, брусника, толокнянка, стелющаяся азалия, «гром-ягода», обычна дриада, попадаются овсяница, линнея северная, карликовая берёза.