Болото представляет единую гидрологическую систему, связанную с Финским заливом, — это часть озера Разлив (243 га), рек Сестры и Чёрной, болота. В северной части заказника есть участок горного отвода месторождения гиттиевых глин (залежи целебных лечебных грязей) и древние морские террасы.

Мощность слоя торфа и сапропеля достигает 8 м. На территории болот происходит накопление аллювиальных осаждений, приносимых реками Сестра и Чёрная. Поверхность болота слабовыпуклая: высота центра (10-11 м) превышает высоты периферии (около 8 м).
Над болотом возвышаются затопленные дюны, поросшие сосновыми и еловыми лесами с включением берёзы. Этими дюнами болото делится на две части: восточную, где болота многовековые и имеют возраст, превышающий возраст водохранилища, и западную, где болото сформировалось на затопленных водохранилищем мелководьях.