Brief description: Территория составляет 51890 га. В заповеднике на девять десятых преобладают леса. Среди них доминируют ельники, затем следуют сосняки и лиственничники.Флора заповедника относительно богата и насчитывает 505 видов сосудистых растений, 245 — мохообразных, 133 — лишайников, 40 — съедобных грибов. Среди сосудистых растений наиболее широко представлены таёжные виды — 74 % флоры, и арктические, гипоарктические и аркто-альпийские виды — 13 %. Реликты и эндемики Пинежского Государственного Заповедника составляют 27 % флоры и являются одним из важнейших объектов сохранения генофонда отечественной флоры. Большинство реликтов относятся к кальцифилам и находят оптимальные условия произрастания в местах выходов карбонатных пород: ива сетчатая, дриады — восьмилепестная и точечная, толокнянка альпийская, жирянка альпийская и другие. Хохлатка Галлера, фиалка удивительная и некоторые другие виды растений являются реликтами периодов потепления. Некоторые виды флоры заповедника занесены в Красную книгу России: орхидеи — венерин башмачок настоящий, калипсо луковичная, пальчатокоренник Траунштейнера, надбородник безлистный, а также качим пинежский (семейство гвоздичные). Из низших растений это 2 вида лишайников — лобария лёгочная и бриория Фремонта, а также 3 вида грибов: осиновик белый, рогатик пестиковый и ежевик коралловидный. В список «Редкие и исчезающие виды флоры СССР» включены также пион Марьин корень, гирчовник северный, дриада восьмилепестная и дриада точечная, жирянка альпийская.