Самая большая коллекция размещена в дендрарии. Здесь на площади 8,7 га по географическому принципу высажены 1150 видов и форм древесных, более 40 видов травянистых растений и различные виды ельника.

В Саду расположен самый большой альпинарий в Европе. Центральную его часть занимает небольшое горное озеро с водными растениями.

На «Участке систематики растений» представлено 500 видов растений из более 250 родов и 95 семейств, сгруппированные согласно систематике.

На «Участке полезных растений» высажены полевые, овощные, технические, дубильные, эфиромасличные, медоносные, красильные, витаминоносные и лекарственные растения - всего более 500 видов и сортов.

Коллекция растений Средней полосы России занимают площадь 0,4 га, в ней представлены обитатели широколиственных, смешанных, хвойных лесов, лесостепной зоны, растения с выходов известняков и мела, а также разной увлажненности почвы.

Кроме дикорастущих Сад располагает коллекциями садовых растений. Это большой плодовый сад с ягодниками площадью 4,3 га. Имеется коллекция декоративных многолетников из 157 видов и 1360 сортов и форм растений, принадлежащих к 80 родам и 32 семействам, высаженная на площади 5 га. Сирингарий насчитывает 130 сортов сирени, коллекцию декоративных многолетников представляют ирисы, пионы, гладиолусы, флоксы, розы, хризантемы и другие растения.