Эйленштейн зарекомендовал себя как знаток диатомовых водорослей в середине 1860-х годов. Его самый важный вклад начался в 1868 году со сбора и распространения наборов постоянных препаратов из 100 различных чистых коллекций диатомовых водорослей. До этого времени профессиональные диатомологи и любители готовили препараты естественных смешанных образцов. Были созданы две серии препаратов Эйленштейна: первое издание первой серии 1867 года (Штутгарт) и второе издание первой серии 1869 года (Дрезден), номера препаратов 1-100. Оба издания первой серии содержат одинаковый перечень таксонов, связанных с каждым пронумерованным препаратом, но в отношении местонахождений номеров 27 и 49 различаются в двух изданиях. Разнообразные положения створок, под которыми лежат панцири, позволяет тщательно изучить структуры каждого вида. Была запланирована вторая серия из 100 видов (в 1869 (?) году в Дрездене, номера препаратов 101-200), но она не получила широкого распространения.
В основном гербарном фонде лаборатории Альгологии хранятся постоянные препараты первого издания первой серии коллекции Теодора Эйленштейна (1867).