Академик Ф. Б. Шмидт пригласил П. П. Глена (тогда ещё студента) в Восточно-Сибирскую экспедицию РГО в качестве помощника старшего геолога. Сам Шмидт отправился на Дальний Восток в 1859 году.

С 1 марта 1860 года П. П. Глен был зачислен в состав экспедиции. В марте выехал из Петербурга, в мае прибыл к верхнему течению Амура, по которому спустился до Николаевска. 16 июля П. П. Глен отплыл на Сахалин, прибыл в пост Дуэ и до сентября изучал его окрестности, после чего перешёл к исследованию более северной части острова, сначала на лодке, а с установлением снежного покрова — на санях.

В апреле и мае 1861 года П. П. Глен снова экскурсировал в окрестностях Дуэ, в самом начале лета совершил восхождения на прилежащие горные хребты, а в середине июня, вместе с другим помощником А. Д. Брылкиным, отправился в южную часть острова, где почти всё лето экскурсировал — главным образом по побережьям, вплоть до обеих оконечностей этой части острова: мысов Крильон и Анива.

В сентябре 1862 года П. П. Глен вернулся на Амур, откуда вместе со своим руководителем отправился в Санкт-Петербург. Экспедицией были собраны обширные геологические, ботанические и этнографические коллекции.

В 1868 году отчёты П. П. Глена были изданы на русском и немецком языках. Отчёт на русском языке был напечатан в Петербурге в «Трудах Сибирской экспедиции Императорского Русского географического общества». П. П. Глен описывает в нём свои путешествия по Сахалину, приводит данные о географии и гидрографии острова, общеботанические и геологические обзоры исследованных мест. Все ботанические коллекции П. П. Глена были обработаны Ф. Б. Шмидтом.

В январе 1867 года П. П. Глен был назначен младшим консерватором Императорского Санкт-Петербургского Ботанического сада, а с 9 февраля 1870 года занимал должность старшего консерватора. В этот период П. П. Глен занимался обработкой сибирских коллекций И. С. Полякова (участника Олёкминско-Витимской экспедиции 1866 года), барона Г. Майделя (1867) и А. Л. Чекановского (1869—1875).

4 апреля 1876 года П. П. Глен скоропостижно скончался в возрасте 39 лет.